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A aldeia da Murtinheira situa-se no vale que outrora era um lago, formado por uma barreira de rocha no lugar do actual desfiladeiro da Candosa. A terra é uma combinação de fértil solo sedimentário e redondas pedras glaciares, trazidas pelo rio Sótão abaixo no final do último tempo de gelo. A paisagem no fundo do vale é inteiramente feita pelo homem. Pensa-se que por volta do primeiro século depois de Cristo, engenheiros Romanos removeram a barreira de rocha para expor o vale fértil e assim também possibilitar a recolha de ouro depositado pelos rios. Sabe-se que tanto habitantes cristãos como mouros cultivaram estas terras, desimpedindo os campos das pedras glaciares e utilizando-as para construir os sistemas de irrigação e tornando assim esta zona a mais produtiva área de cultivo da região de Góis. O curso do rio Sótão, é aproximadamente 5 m mais alto que o do rio Ceira no outro lado do vale. Este facto foi bem aproveitado, canalizando a água do rio Ceira ao longo do fundo do vale.

Onde actualmente a estrada passa pela ponte do rio Sótão, situava-se antigamente a capela de St.ª Apolónia e São Silvestre, que foi levada pelo rio durante uma grande cheia. Conta-se que tudo que sobrou da capela, tinham sido as estátuas dos dois Santos, que após deste acontecimento foram transferidas para a Capela do Mártir de Vila Nova do Ceira. Diz-se que a água chegou até a fechadura da casa mais próxima da capela. A data desta inundação não se sabe ao certo, mas é provável que um velho edifício construído em pedras fixadas com barro não oferecesse muita resistência a esta corrente de água.
Existem duas variações de histórias acerca da origem do nome da aldeia:
A primeira conta que os dois primeiros habitantes da aldeia se chamavam Estêvão e Serafim. O Estêvão tinha uma grande árvore murtinheira e por causa desta, a aldeia ficou com o nome. A segunda diz que como havia muitas murtas onde agora se situa a aldeia, as pessoas referiram-se a esta localização como a Murtinheira.